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2017年4月20日 (木)

ワラジムシ目のCOI遺伝子の塩基置換率

全ての真核生物の細胞にミトコンドリアという細胞小器官があり、核とは違う独自のDNAを持っている。

もちろんダンゴムシの細胞にも、核DNAとミトコンドリアDNAがある。


ミトコンドリアDNAにある遺伝子のうち、COI(シーオーワン)(COX1とも)遺伝子は種内や近縁種間の系統の推定によく使われる。

細胞呼吸に関わる酵素の一部分のタンパク質らしい。

遺伝子配列が大きく違えば遠縁、あまり違わなければ近縁。


過去の進化の流れを探る分子系統解析のとき、分岐年代推定も行うことがある。

2つの系統がいつ頃交流がなくなったかというか、まぁ、そんなイメージ。

分岐年代推定には塩基置換率を知っておく必要がある。

ワラジムシ目のCOIの置換率を推定した研究が2つあった。


Poulakakis N, Sfenthourakis S. 2008. Molecular phylogeny and phylogeography of the Greek populations of the genus Orthometopon (Isopoda, Oniscidea) based on mitochondrial DNA sequences. Zoological Journal of the Linnean Society, 152(4), 707-715.

ハヤシワラジムシ科の Orthometopon 属で、0.0156-0.0172/100万年


Ketmaier V, Argano R, & Caccone A. 2003. Phylogeography and molecular rates of subterranean aquatic Stenasellid Isopods with a peri‐Tyrrhenian distribution. Molecular Ecology, 12(2), 547-555.

ミズムシ亜目の Stenasellus 属で、0.0125/100万年


ワラジムシ目のCOI遺伝子は100万年経つと1%ちょっと変異が溜まる?







このページすごい。

googleで「COI遺伝子」と検索すると、ここがヒットする。

書いてる人は専門家でないのでこのあたりはちゃんと専門家に教わって下さい。


※ミトコンドリアの遺伝子は核にコピーされ、偽遺伝子が生じることがよくあるらしいです。

解析するときは、インデル、AT:GCの割合、ストップコドンなどを確かめる必要があります。

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